Code_Aster forums

miko · 2012-08-11 22:59:22

Bonjour,

J'essaye de construire un version parallèle de CodeAster unstable, avec

- compilateurs et mkl intel version 11.1/072
- mpich2-1.0.8
- adaptation des fichiers de configuration depuis la version parallèle STA10.3

Le résultat:

Code:

Exécution de Code_Aster

<INFO> Ligne de commande 1 :
<INFO> ./asteru_mpi Python/Execution/E_SUPERV.py -eficas_path ./Python -commandes fort.1  -num_job 2033-tango -mode interactif -rep_outils /opt/aster/v11.2/outils -rep_mat /opt/aster/v11.2/unstable/materiau -rep_dex /opt/aster/v11.2/unstable/datg -suivi_batch -memjeveux 256.0 -tpmax 1500
/opt/mpi/mpich_ifort/bin/mpdlib.py:8: DeprecationWarning: The popen2 module is deprecated.  Use the subprocess module.
  import sys, os, signal, popen2, socket, select, inspect
/opt/mpi/mpich_ifort/bin/mpdlib.py:16: DeprecationWarning: the md5 module is deprecated; use hashlib instead
  from  md5       import  new as md5new
(parallel_copy) - destination : /tmp/miko-tango-interactif.2033-tango/proc.0 - temps initial : 22:18:27
(parallel_copy) - destination : /tmp/miko-tango-interactif.2033-tango/proc.0 - graine : /tmp/miko-tango-interactif.2033-tango/global/*
   COPIE /tmp/miko-tango-interactif.2033-tango/global/* vers /tmp/miko-tango-interactif.2033-tango/proc.0
cp -L -r /tmp/miko-tango-interactif.2033-tango/global/* /tmp/miko-tango-interactif.2033-tango/proc.0
                                                                        [  OK  ]
(parallel_copy) - destination : /tmp/miko-tango-interactif.2033-tango/proc.0  -  temps final : 22:18:28

Et un message pas très sympa...

Code:

/opt/aster/v11.2/testing/bibc/supervis/astercore_module.c 414 : erreur lors de l'appel a la fonction E_Global.print_header
TypeError: print_header() takes exactly 1 argument (0 given)
rank 0 in job 2  tango_41052   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9 
EXIT_COMMAND_2126_00000019=137
<INFO> Exécution Code_Aster terminée, diagnostic : <S>_ERROR

La commande "mpirun_cmd" d'asrun fonctionne "à la main"
mpirun_cmd : /opt/mpi/mpich/bin/mpiexec -machinefile %(mpi_hostfile)s -wdir %(wrkdir)s -n %(mpi_nbcpu)s %(program)s
Exemple

Code:

mpirun -machinefile /opt/aster/v11.2/etc/codeaster/mpi_hostfile -np 4 -wdir /tmp /opt/mumps/mumps-4.9.2/build/examples/dsimpletest < input_simpletest_real
Solution is   0.99999999999999878        1.9999999999999996        3.0000000000000009        3.9999999999999987        5.0000000000000018

Si quelqu'un pouvait m'indiquer d'où vient l'erreur ?

D'avance merci,

Miko

Last edited by miko (2012-08-12 19:01:50)

courtois · 2012-08-12 11:39:33

Bonjour,

testing ou unstable ? visiblement il y a un mélange des 2 d'où le problème avec print_header et le nombre d'argument.

MC

miko · 2012-08-12 15:31:09

courtois wrote:
Bonjour,

testing ou unstable ? visiblement il y a un mélange des 2 d'où le problème avec print_header et le nombre d'argument.

MC

Bonjour,

C'est bien vu, merci Mathieu.

En effet, depuis le répertoire "unstable", j'ai lancé cette commande

Code:

../bin/as_run --make --config=config_mpi.txt

L’exécutable "asteru_mpi" a été créé dans le répertoire "testing"
Je l'ai déplacé dans le répertoire "unstable", d'où le problème.

En le replaçant de nouveau dans le répertoire "testing" y compris les fichiers
"config_mpi.txt" et le "profile_mpi.sh", le code fonctionne.

Par contre coté performances, c'est décevant, pour un calcul avec contact, solveur MUMPS, j'ai:

Code:

mpi_nbcpu         ELAPSED
   1               480.16
   2               503.55
   4               650.03

En version séquentielle, solveur MULTI_FRONT, ncpus=4, ELAPSED = 505.31

Je veux tenter de nouveau la compilation de la version "unstable"

Miko

miko · 2012-08-12 16:23:36

miko wrote:
Je veux tenter de nouveau la compilation de la version "unstable"

Depuis $ASTER_ROOT, lancement de la commande:

Code:

bin/as_run --vers=unstable --make --config=unstable/config_mpi.txt

Le résultat:

Code:

OK                 Catalogue d'éléments compilé avec succès

copie de .../elem.1...                                                  [  OK  ]

OK                 Code_Aster a été construit avec succès


OK                 Construction terminée correctement de /opt/aster/v11.2/unstable sur tango


   (*) les temps cpu et système peuvent ne pas être mesurés correctement quand on utilise mpirun.

as_run 1.10.6

------------------------------------------------------------
--- DIAGNOSTIC JOB : OK
------------------------------------------------------------

Miko

Thomas DE SOZA · 2012-08-19 20:42:20

miko wrote:
Par contre coté performances, c'est décevant, pour un calcul avec contact, solveur MUMPS, j'ai:
Code:
mpi_nbcpu         ELAPSED
   1               480.16
   2               503.55
   4               650.03
En version séquentielle, solveur MULTI_FRONT, ncpus=4, ELAPSED = 505.31

Avec un calcul de contact, il faut faire attention, en effet, tous les solveurs de contact ne profitent pas du parallélisme.
Par exemple si on a un calcul avec méthode discrète CONTRAINTE où le contact représente la majeure partie du temps de calcul alors il n'est pas étonnant de voir les temps se dégrader car ce solveur ne tire absolument pas partie du parallélisme. Or ce dernier induit nécesserairement des surcoûts (que l'on n'espère en général compensés par les gains en temps de calcul).

La doc U2.04.04 donne quelques infos sur le niveau de parallélisme de chaque méthode. Seules 2 en profitent vraiment : la méthode GCP faiblement et la méthode CONTINUE à partir de la version 11.2

TdS

Code_Aster forums

#1 2012-08-11 22:59:22

[RESOLU] Compilation d'une version parallèle mpi

Code:

Code:

Code:

#2 2012-08-12 11:39:33

Re: [RESOLU] Compilation d'une version parallèle mpi

#3 2012-08-12 15:31:09

Re: [RESOLU] Compilation d'une version parallèle mpi

courtois wrote:

Code:

Code:

#4 2012-08-12 16:23:36

Re: [RESOLU] Compilation d'une version parallèle mpi

miko wrote:

Code:

Code:

#5 2012-08-19 20:42:20

Re: [RESOLU] Compilation d'une version parallèle mpi

miko wrote:

Code:

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